ریوتا در جستجوی برادرش، به همراه دو نوجوان دیگر مخفیانه وارد قایقی متعلق به یک جنایتکار می‌شود. کشتی آن‌ها در جزیره لچی غرق می‌شود و آن‌ها پی می‌برند که بومیان جزیره نوزاد توسط یک سازمان تروریستی که هیولایی سخت‌پوست را کنترل می‌کند، به بردگی گرفته شده‌اند. آن‌ها با پیدا کردن گودزیلای خوابیده، تصمیم می‌گیرند او را بیدار کنند تا تروریست‌ها را شکست دهد و بومیان را آزاد کند.

گنگو اوداکا، طراح مانگا، در شهربازی سرزمین کودکان جهان شغلی پیدا می‌کند، اما با کشف یک پیام رمزگذاری‌شده روی نوارها، به این سازمان مشکوک می‌شود. در حالی که گنگو و تیمش در حال تحقیق هستند، گودزیلا و آنگیروس به سرعت پیام را رمزگشایی کرده و برنامه عملیاتی خود را آغاز می‌کنند.

یک پیشگویی در اوکیناوا که نابودی زمین را پیش‌بینی می‌کند، با ظهور دوباره گودزیلا و بازگشت او به ریشه‌های ویرانگرش به حقیقت می‌پیوندد. اما پس از اینکه گودزیلا فک متحد خود، آنگیروس را می‌شکند، مشخص می‌شود که همه چیز آن‌طور که به نظر می‌رسد نیست. اوضاع زمانی پیچیده‌تر می‌شود که گودزیلای دوم ظاهر می‌شود و فاش می‌کند که همزاد او در واقع یک سلاح مکانیکی است.

گورو ایبوکی مخترع، یک ربات انسان‌نما به نام جت جگوار می‌سازد. این ربات به زودی توسط یک نژاد زیرزمینی از مردم به نام سیتوپیایی‌ها ربوده می‌شود. سیتوپیایی‌ها با استفاده از جت جگوار به عنوان راهنما، مگالون را برای انتقام از آزمایش‌های هسته‌ای که جامعه آن‌ها را ویران کرده است، می‌فرستند.

گورو ماکی، خبرنگار کنجکاو، به طور تصادفی با دانشمندانی مواجه می‌شود که در حال انجام آزمایش‌های آب‌وهوایی در جزیره سولگل در دریاهای جنوبی هستند. او متوجه می‌شود که این جزیره مسکن آخوندک‌های غول‌پیکر و زنی به نام سایکو است که پس از مرگ پدرش در آنجا رها شده است. این دو به زودی هیولای نوزاد و بی‌پناهی را پیدا می‌کنند که گودزیلا باید او را به سرپرستی بگیرد و بزرگ کند.

یک درام جنایی ساخته کمپانی توهو که به تجارت مواد مخدر می‌پردازد.